Do mnie najbardziej denerwujące w MFO2 jest to, że wszystkie walki z potworami rozgrywają się automatycznie. Bardzo często mam takie przypadki, że najpierw pokonam grupę 4 potworów, a chwilę potem walcząc na tym samym skrypcie przegram z grupą 3 potworów, a więc słabszą i całą podróż muszę zaczynać od nowa. W MFO3 tego nie ma i każdą problematyczną grupę potworów można pokonać manu.
Przy walkach z bossami w MFO2 przydałaby się natomiast wiedza o kolejności ich ataków. O ile pojedyncze bossy zawsze można zdublować i nie trzeba śledzić kolejności ataków, to celem pokonania bossów kolektywnych np. kalvadora i 2 robotników, czy też servantesa i piratów na kartce musiałem odnotowywać kolejność ataków na moją postać. Tylko dzięki takiemu odnotowywaniu mogłem przewiedzieć kto mnie zaatakuje w następnej turze, ile maksymalnie mogę dostać obrażeń w niej i czy muszę się podleczyć. Konieczność sporządzania takich notatek i systematycznej analizy ruchów przeciwników wydłużała mi walkę powodując, że walki z tymi bossami czasami trwały kilka godzin. Jedna pomyłka powodowała porażkę i konieczność zaczynania wszystkiego od nowa. W MFO3 natomiast z góry jest podana kolejność ruchów, co niewątpliwie jest plusem tej wersji gry.
